利用20个为微卫星座位对鳜鱼（Siniperca chuatsi）的5个全同胞家系的50个子代进行亲子鉴定。Cervus3.0软件分析表明，5个家系鳜鱼个体中共观察到125个等位基因，平均等位基因为6.25，观测杂合度和期望杂合度的平均值为0.7892和0.8263，平均多态信息含量为0.794。在置信度95%的前提下，当双亲未知时，累积排除概率为0.9999996；已知单亲时，累积排除概率为0.9999999。通过亲权分析，50个子代中49个均找到了各自的父母本，置信度95%，鉴定率为100%，进一步地说明了这20个微卫星标记用于鳜鱼亲子鉴定的准确性。该研究鳜鱼的微卫星亲子鉴定为今后的遗传连锁图谱构建和家系选育奠定了基础。
目录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言1
1材料与方法2
1.1实验材料 2
1.2基因组DNA的提取2
1.3微卫星引物2
1.4 PCR扩增及检测3
1.5统计分析4
2 结果与分析4
2.1微卫星引物的扩增结果4
2.2 遗传多样性分析 4
2.3微卫星位点排除概率5
2.4家系鉴定5
3讨论7
致谢8
参考文献8
江苏省五湖一江鳜鱼群体
遗传多样性分析及微卫星亲子鉴定
引言
引言
鳜鱼（Siniperca chuatsi）俗称桂花鱼,属鲈形目（Perciformes）、鳜亚科（Sinipercinae）,是中国淡水名优鱼类，也是特有的肉食性鱼类[12]。本次实验采用的是江苏省内五湖一江水域中的野生鳜鱼群体。近年来中国鳜鱼养殖业迅速发展和扩大,养殖群体的近亲繁殖和遗传漂变使得鳜鱼抗病毒能力严重下降、种质资源不断退化;而且因为一些鳜鱼养殖品种生长相对缓慢,一定程度上阻碍了鳜鱼养殖产业化的发展。为保过促进鳜鱼养殖业可持续发展以及防止种质资源退化和遗传多样性降低,就需要研究鳜鱼的种质遗传基础以及种质资源鉴定以确认亲本的系谱信息[3]。因此,筛选多态信息含量丰富的鳜鱼微卫星标 *景先生毕设|www.jxszl.com +Q: ^351916072^ 
记进行家系鉴定对于分子标记辅助育种、标记选择育种等,有着重要的理论意义和实践价值[4]。该研究为进一步开展江苏省五湖一江水域内的野生鳜鱼群体家系鉴定、遗传育种、种质资源鉴定和放流效果评估等研究奠定了基础。
本次实验所采用的研究方法是微卫星分子标记法，微卫星（SSR，短串联重复序列）即是指一类重复单位长达几十个核苷酸的串联重复序列，由于串联重复数的不同,扩增的产物就表现出长度多态性。由于共显性、多态性相对丰富、基因组覆盖较多等优点[57]，己经广泛地应用于遗传图谱的构建[8]、遗传多样性分析[9]、亲子鉴定分析[1011]和系统学研究。亲子鉴定又称亲权鉴定，是指应用生物学、医学、遗传学等学科知识，以遗传性状在子代和亲本之间的遗传规律为依据来分析动物之间可能存在的亲缘关系[1213]。亲子鉴定最早应用于司法领域，现在已广泛应用于植物学、动物学、生态学领域。一般所指的遗传多样性是指种内的遗传基因的变化，即种内个体之间或一个群体内不同个体的遗传变异总和[14]。
近年来，微卫星分子标记广泛应用于水产物种的亲子鉴定方面。苗贵东等[15]用8个微卫星标记对大菱鲆（Scophthalmus maximus）7个人工选育家系进行了亲子鉴定，结果表明亲子鉴定准确率为92.86％。陈亮等[16]用5组微卫星多重PCR对长鳍吻鮈（Rhinogobio ventralis）40尾候选亲本和96尾子代进行亲子鉴定分析，结果显示亲子鉴定准确率为100％。葛会争等[17]用8个微卫星标记对黑龙江野鲤（Cyprinus carpio haematopterus）♀×德国镜鲤（Cyprinus carpio）♂（正交组合），及德国镜鲤♀×黑龙江野鲤♂（反交组合）进行亲子鉴定，结果显示，正交组和反交组亲本与子代的配对率分别为98％和99％。季旭等[18]用18个微卫星标记对6个亲缘关系不明的26尾有丝分裂雌核发育牙鲆（Paralichthys olivaceus）进行家系鉴定，实验结果表明26尾子代都找到了母本，其中有7尾子代在出现特异基因的单座位上均表现杂合基因型，与母本不匹配。
动物DNA序列上的差异可以反映出物种之间的亲缘关系的远近程度,亦可用个体亲缘关系的认定,遗传标记为动物的个体识别提供强有力的手段[19]。只有明确动物之间亲缘关系,才能进行有效的保留和留种,淘汰生产力较差的个体,对于扩大下一代的遗传繁育有很大的意义。利用微卫星分子标记技术进行亲子鉴定不仅仅用于育种,还适用于野生动物繁殖和濒危动物的保护,通过对它们的个体识别和亲缘关系鉴定,来了解其生活习性和群体遗传多样性,从而更加有效的进行遗传繁育。实际生产中由于各种原因造成系谱记录不详,在育种选择中无法确定优良种。通过分子生物学进行亲子鉴定显得尤为重要[20]。该研究江苏省五湖一江鳜鱼群体的微卫星亲子鉴定为今后的遗传连锁图谱构建和家系选育奠定了基础。
1材料和方法
1.1实验材料
实验用鱼来自江苏省高邮市董氏特种水产公司（雄鱼来自骆马湖，雌鱼来自高邮湖），构建5个鳜鱼的全同胞家系，分别为G1（GUI1♂，GUI2♀），G2（GUI3♂，GUI4♀），G3（GUI5♂，GUI6♀），G4（GUI7♂，GUI8♀），G5（GUI9♂，GUI10♀）。取亲本鳍条并保存于20℃的无水乙醇中，待产完子代，每个家系各取10尾，混合到一起饲养，待长到1cm时，取子代全鱼保存于20℃的无水乙醇中。
1.2基因组DNA的提取
取亲本鳍条样品和子代全鱼样品，加入450μLSTE缓冲液（150mmol﹒L1NaCl，50mmol﹒L1 Tris，1mmol﹒L1 EDTA），12.5μL10％SDS，10μL蛋白酶K（20mg﹒mL1）混合均匀。将混合物在55℃下消化大约4h，用苯酚和氯仿萃取后用等体积的异丙醇进行沉淀，12000r﹒min1离心10min后再用70％乙醇洗涤两次，用30μL蒸馏水进行溶解。用1％琼脂糖凝胶电泳检测DNA完整性与纯度，置于冰箱中20℃保存备用。
1.3微卫星引物
根据NCBI网站上的鳜鱼核酸序列设计了100对微卫星引物，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳从中筛选出了20对多态性好的引物（表1），引物均由上海博尚生物技术有限公司合成。
表1 20对微卫星引物的序列特征

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