探究江苏与安徽长江流域鳜鱼群体遗传多样性，对来自长江安庆段（AQ）、长江当涂段（DT）、高邮董氏养殖场（GY）、靖江滨江水产养殖场（YJ）4个鳜鱼群体52个样本的线粒体COI基因序列片段进行扩增和分析，获得630bp长度的核苷酸片段，其中碱基T,C,A,G平均含量分别为27.5%、29.7%、24.1%和18.7%，A+T含量(51.6%)高于G+C含量(48.4%)。所得序列共有4种单倍型，靖江，高邮，当涂和安庆群体拥有单倍型数分别为2、2、2和2种，其中hap1和hap3单倍型属于共享单倍型，hap2单倍型为高邮（G）群体特有，hap4单倍型为安庆（A）群体所特有，在所有4种单倍型中，hap1呈现出明显的优势，共20个样本数(占总样本数的55.55%);平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.554和0.00107;基于鳜鱼4个地理群体COI条形码的分子方差（AMOVA）结果显示，高达81.26%遗传变异来自群体间，说明鳜鱼群体间遗传分化水平接近显著。研究表明，COI基因作为一种分子标记，适合用于研究鳜鱼群体的遗传多样性。
目录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言（或绪论）2
1 材料与方法2
1.1 材料 2
1.1.1 样品采集与处理2
1.1.2 实验仪器及设备2
1.1.3 常用药品2
1.1.4 试剂盒药剂2
1.2 方法 3
1.2.1 DNA提取与保存3
1.2.2 PCR引物设计及扩增3
1.2.3 扩增产物检测与测序3
1.2.4 序列数据处理3
2 结果与分析4
2.1 鳜鱼群体COI序列多态位点及单倍型分析4
2.2 鳜鱼各地理群体遗传多样性检验5
2.3 鳜鱼各地理群体遗传距离6
3 讨论6
3.1 鳜鱼群体遗传分化6
3.2 COI基因在鳜鱼群体遗传分化鉴定方面的可行性8
致谢8
参考文献9
图1 鳜鱼COI基因条带PCR *景先生毕设|www.jxszl.com +Q: ^351916072* 
扩增电泳图4
表1 鳜鱼群体mtDNA COI基因单倍型及多态位点4
表2 鳜鱼群体线粒体COI基因单倍型分布5
表3 鳜鱼群体内遗传多样性检验6
表4 鳜鱼群体种间与种内遗传距离及遗传分化系数6
表5 鳜鱼群体mtDNA COI基因序列AMOVA分析7
基于COI条形码的鳜遗传多样性研究
引言
鳜鱼（Siniperca chuatis）隶属于硬骨鱼纲 Osteichthyes、鲈形目Perciformes、鮨科Serranidae、鳜属Siniperca，主要分布于我国的东部各大水系及其附属湖泊，在我国周边的朝鲜半岛、日本和越南等也有分布[1]，目前国内已有完整的鳜鱼生产养殖技术。但近几年来养殖户为了追求利润，盲目增加养殖密度，加上近亲繁殖严重，导致鳜鱼抗病力下降，疾病呈爆发之势[2]。与此同时生态环境的污染、过度的捕捞，使得鳜鱼的野生资源呈下降趋势[1920]。因此，运用分子生物学手段，基于COI条形码研究鳜鱼遗传多样性，对于保证鳜鱼养殖产业经济价值具有重大意义。
DNA是遗传信息在分子层面的表现，既承载着生物的遗传效应，又反映了物种世代繁衍的进化结果。目前国内利用分子生物学方法对鱼类遗传多样性的研究已较为成熟。其中，线粒体DNA(mitochondrial DNA)因其结构简单，母性遗传，进化速度快等特点而被广泛用作鱼类遗传研究中的分子标记。在鳜鱼遗传研究方面，杨受保等［22］采用RAPD技术对秋浦河、长江、万佛湖3个鳜群体的基因组进行研究，得出了3个群体间发生了显著遗传变异的结论。方展强等[23]采用RAPD技术对鄱阳湖的野生鳜和南海省级鳜鱼良种场的养殖鳜进行了研究，得出野生鳜遗传多样性高于养殖鳜的结论。但针对鳜鱼COI条形码的遗传多样性研究未见报导。张凤英等［3］对鲳属鱼类COI基因序列片段进行扩增和序列测定从而研究出其遗传关系和系统进化。胡玉婷等［4］通过COI 基因DNA 条形码序列分析，总结了黄鳝群体间遗传分化水平。因此本研究基于线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(Cytochrome coxidase subunit I,COI)片段,对长江安庆段、长江当涂段、高邮董氏养殖场、靖江滨江水产养殖场四个鳜鱼群体的遗传多样性进行研究，以探讨COI条形码应用于鳜鱼群体遗传多样性研究方面的可行性。
1 材料与方法
1．1 材料
1．1．1 样品采集与处理 实验用鱼分别采集于长江安庆段（AQ）、长江当涂段（DT）、高邮董氏养殖场（GY）、靖江滨江水产养殖场（YJ）。准备无水乙醇、小剪刀、700μL离心管，将每一条鱼编号后，切取部分肌肉组织或者鳍条放入离心管中，做好编号。将取好的组织样品，放入20℃冰箱，按照编号和取样地点的不同，插在不同的试管盒中。取样后的鱼类标本用95%酒精浸泡放入标本瓶中，保存在中国水产科学院淡水渔业研究中心。1．1．2 实验仪器及设备 VertiTM 96Well Thermal Cycler PCR仪（Applied Biosystems公司）、台式高速离心机（Thermo Fisher SCIENTIFIC公司）、H1 微型混合器、HWS28型电热恒温水浴锅、D1型自动灭菌蒸汽锅（北京发恩科贸有限公司）、移液枪(规格1000μL、500μL、200μL、10μL、2.5μL，eppendorf Research Plus系列)、全自动凝胶成像系统（长江下游渔业种质资源平台仪器设备购置）、台式紫外透射仪、DYY8C型 电泳仪（北京市六一仪器厂）、水平电泳槽（DYCP31C，北京市六一仪器厂）。
1．1．3 常用药品 无水乙醇、琼脂糖（Agarose Regualr，TaKaRa Clontech）、灭菌水、EDTA、10X TAE Buffer（Mesgen）、预混液Premix Taq Version 2.0 (TaKaRa)。
1．1．4 试剂盒药剂 Solution L、Solution B、Solution W、Proteinase K、Elution Solution、吸附柱。

原文链接：http://www.jxszl.com/nongxue/scyz/561295.html