运用线粒体COI的DNA条形码的序列，探究长荡湖，长江常熟段，阳澄湖这三个黄颡鱼群体遗传多样性。22个样本COI条形码序列中A,T,C,G，碱基平均含量分别为25.0%，28.0%，29.1%，17.9%.该基因670bp片段多态位点数18个，单倍型数8个。各群体单倍型多样性为0.500-0.806，核苷酸多样性偏低为0.00175-0.00274,三个群体表现出较低遗传多样性.不同黄颡鱼群体间遗传距离较小，而群体内遗传距离较大，这表明不同群体之间的分化不明显，遗传分化主要来自于个体间。
目录
摘要2
关键词3
Abstract3
Key words3
1材料与方法4
1.1材料 4
1.2方法 4
1.2.1基因组DNA提取4
1.2.2 引物设计，PCR扩增4
1.2.3凝胶电泳，测序仪测序4
1.2.4数据统计5
2结果与分析5
2.1序列分析5
2.2单倍型及在群体中的分布5
2.3遗传多样性分析6
2.4群体遗传距离及聚类分析6
3讨论 7
3.1黄颡鱼遗传多样性7
3.2黄颡鱼群体遗传分化8
3.2有待进一步研究的问题8
致谢8
参考文献9
三个群体黄颡鱼遗传多样性研究
引言
黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）隶属于鲶形目（Siluriformes）鲿科（Bagridae）黄颡鱼属，黄颡鱼是以肉食性为主的杂食性鱼类，其食性与季节变化有一定关系，其多对环境的适应能力较强，在静水或江河缓流中也能底栖生活。白天栖息于湖水底层，夜间则游到水上层觅食。主要分布在我国长江流域，珠江流域等南方地区。黄颡鱼肉质细嫩，味道鲜美，有很大营养价值，市场需求量大，是我国常见的经济鱼类之一，所以人工养殖也变得越来越多。但是随着人类活动的不断加剧，过度捕捞，掠夺性开发，水环境污染和破坏，养殖的群体近亲繁殖，外来物种的入侵，黄颡鱼野生资源越来越少，并且种质资源不断退化和遗传多样性降低等问题[12]。
 *景先生毕设|www.jxszl.com +Q: ^351916072* 
/> DNA作为遗传物质的主要载体，可以通过分析DNA片段来研究遗传物质的多样性。Hebert［3］等提出了基于分子手段进行物种鉴定的设想,即利用线粒体细胞色素C氧化酶I(COI)基因的部分序列建立全球动物的DNA条码 (DNA barcode) 标准数据库, 并根据每个物种在该基因上的鉴别位点, 简单、快捷而有效地进行物种的识别和鉴定工作。Robert等［4］对澳大利亚207种鱼类线粒体DNA COI基因655bp碱基序列进行比对分析, 认为COI序列作为DNA条形码可以用于鱼类的鉴别研究。Wang等［5］通过对线粒体DNA片段进行PCRRFLP分析，探讨长江流域普通黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼的地理分布。方耀林 [6]和库喜英 [7]分别以mtDNA的 Dloop区、ND1/2基因和cyt b基因为分子标记，对我国多个水系间的黄颡鱼群体进行遗传多样性和遗传结构分析。丁言伟[8]则对我国黄颡鱼属的五种黄颡鱼mtDNA的ND4 基因进行了测序分析，阐明了黄颡鱼属系统发育关系和遗传变异，探讨了黄颡鱼属五种鱼类的种群遗传结构。本课题利用线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(Cytochrome coxidase subunit I,COI)片段，对长荡湖，长江常熟段，阳澄湖这三个群体的黄颡鱼种群的遗传多样性进行研究。这可以丰富黄颡鱼遗传结构的研究，并且为黄颡鱼鱼种资源维护，合理养殖提供理论参考。
1 材料与方法
1．1 材料
(1)实验所用的黄颡鱼样品分别采集自长荡湖（CD),长江常熟段（CS），阳澄湖(CD)。其中长荡湖12尾，常熟12尾，阳澄湖12尾。取活体黄颡鱼，取其肌肉或鳍条，保存于无水乙醇中备用。
1．2 方法
1．2．1 基因组DNA提取
采用MesGen公司海洋动物组织基因组DNA小量提取试剂盒，按照以下步骤提取黄颡鱼基因组DNA。
取不超过25mg组织，尽可能剪切成小的碎片，放入1.5ml离心管中，用移液枪加入200μl ，在H1微型混合器上旋涡振荡15秒。
用标度为20μl的移液枪加入20μl （20mg/ml）,旋涡混匀，简短离心，使管壁上的溶液收集到管底。在HWS28型电热恒温水浴锅中56℃孵育大约2到3个小时，直至组织完全溶解，简短离心，使管壁上的溶液收集到管底。
12000rpm离心5分钟，小心吸取上清液至新的离心管中。
加入300μl Solution B，充分颠倒混匀，简短离心，使管壁上的溶液收集到管底，室温静止2分钟。
将步骤四所得的溶液全部加入到已装入收集管的吸附柱中，若一次不能加完溶液，可分多次转入。12000rmp离心1分钟，倒掉收集管中的废液，将吸附柱放回收集管中。
用移液枪向吸附柱中加入500μl Solution W1（使用前检查是否已加入无水乙醇），12000rpm离心1分钟，倒掉收集管中的废液，将吸附柱放回收集管中。
重复步骤（6）
12000rpm离心两分钟，倒掉收集管中的废液。将吸附柱置于温室数分钟，以彻底晾干。
将吸附柱置于一个新的离心管中，向吸附柱中间部位悬空加入50200μl Elution Buffer,温室放置25分钟，12000rmp离心1分钟，收集DNA溶液，﹣20℃保存DNA。以上实验步骤所用收集管，离心管，吸附柱，移液枪枪头均经过D1型自动蒸汽灭菌锅灭菌。
1．2．2 引物设计，PCR扩增
引物设计参考文献[9]，共设计3对引物，序列如下：FishF15’TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC 3’和FishR15’TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA 3’,FishF25’TCGACTAATCATAAAGATATCGGCAC 3’和FishR25’ACTTCAGGGTGACCGAAGAATCAGAA 3’，LCO14905’GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG 3’和LCO21985’TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAAT 3’，引物由天霖生物科技（上海）有限公司合成。

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