目录
摘要 I
ABSTRACT III
前 言 1
第一章 文献综述 3
第二章 方案论证 5
第三章 实验论述 7
1.1 样品采集与测序 7
1.2 宏基因组学分析 7
1.3 数据分析 8
第四章 结果分析 9
1.1 原始数据和宏基因组组装信息 9
1.2 COG数据库和KEGG数据库比对结果 10
1.3 CAZy数据库注释结果 10
1.4 碳水化合物酶及其产酶微生物 11
1.5 微生物和植物多糖降解 13
第五章 讨论和结论 19
1 讨论 19
2 结论 23
参考文献 25
附录 29
基于宏基因组学研究绵羊全消化道微生物碳水化合物酶组成及其功能差异
摘要
[目的]本论文旨在探究绵羊全消化道微生物碳水化合物酶功能和组成差异。[方法]试验采集饲喂苜蓿和燕麦干草日粮的成年绵羊的瘤胃、网胃、瓣胃、皱胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠等部位的食糜，提取微生物DNA，进行Illumina宏基因组测序。[结果]根据COG和KEGG数据库注释结果，与瘤胃比较，绵羊后肠微生物碳水化合物代谢相关酶的基因相对丰度皆显著升高(P<0.05)。CAZy数据库注释结果显示，绵羊全消化道共有332种CAZymes(10种AA酶、16种CE酶、119种GH酶、86种GT酶、23种PL酶和78种CBM)；各消化道区段拥有的CAZymes的种类一致，但相对丰度呈显著差异（P<0.05）；此外，各消化道区段优势CAZymes不同，胃部主要是植物细胞壁多糖降解酶(GH3、GH5和GH43)，前肠部是微生物多糖降解酶(GH25)，后肠部是动物多糖降解酶(GH20和GH109)，原因可能与胃、前肠和后肠微生物组群落结构不同有关。KEGG和NR数据库注释结果显示，植物多糖降解酶在全消化道分布有所不同，其对应的优势微生物也有所差异，胃部分泌多糖降解酶的优势微生物为Prevotella属微生物，前肠部主要是Lactococcus属微 *51今日免费论文网|www.jxszl.com +Q: ￥351916072$ 
生物，后肠部是Bacteroides属微生物，导致优势微生物呈现差异的主要原因可能与绵羊不同消化道区段内的环境因子及食糜组分不同有关。[结论]本文构建了绵羊碳水化合物活性酶谱，发现全消化道微生物碳水化合物酶组成及分泌这些酶的优势微生物存在显著差异，原因可能与各区段微生物所作用的底物差异及内环境不同有关。

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