本实验通过利用高通量测序技术对经RNA反转录及PCR扩增得到的cDNA进行测序分析，检测长江三角洲白山羊卵泡的四组样品C1-2mm、C2-3mm、C5-8mm的基因差异表达情况，通过GO功能显著性富集分析及Pathway显著性富集分析，得出差异表达基因编码的蛋白具有的功能和差异表达基因中显著性富集的信号通路。结果表明，以C1-2mm中基因表达量为对照，在C2-3mm中共筛选出显著上调差异基因567个，显著下调差异基因372个，在C5-8mm中共筛选出显著上调差异基因2250个，显著下调差异基因1463个；以C2-3mm中基因表达量为对照，在C5-8mm中共筛选出显著上调差异基因1287个，显著下调差异基因935个。
目录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言（或绪论）1
1材料与方法2
1.1 实验仪器与化学试剂2
1.2供试动物及卵泡采集2
1.3 cDNA建库和Illumina测序3
1.4 与参考基因组进行比对3
1.5 差异分析3
1.5.1 样品间差异统计3
1.5.2 差异表达基因的GO分析与KEGG通路分析3
2 结果与分析3
2.1 测序饱和度分析3
2.2山羊卵泡发育过程中的差异表达基因数量4
2.3山羊卵泡发育过程中与繁殖相关的差异基因4
2.4山羊卵泡发育相关差异表达基因的GO功能富集分析5
2.5 山羊卵泡发育相关差异表达基因的Pathway功能富集分析6
3 讨论8
4小结9
致谢9
参考文献9
表1 测序数据统计结果4
表2 样品间差异基因结果统计表4
表3 与繁殖相关的差异基因统计表5
图1 样品C12mm、C23mm、C58mm饱和曲线4
图2 C12mm与C23mm的GO分类柱状分布图5
图3 C12mm与C58mm的GO分类柱状分布图6
图4 C23mm与C58mm的GO分类柱状分 *51今日免费论文网|www.jxszl.com +Q: ^351916072* 
布图6
图5 C12mm与C23mm的KEGG富集结果排名前20的通路图7
图6 C12mm与C58mm的KEGG富集结果排名前20的通路图7
图7 C23mm与C58mm的KEGG富集结果排名前20的通路图8
山羊卵泡发育过程中的基因差异表达研究
引言
近年来，随着畜牧业的稳步提升，人们逐渐开始重视家畜繁殖性状对生产成本的影响，并且意识到提高家畜繁殖力，能有效地提高经济效益。目前，人们对于各家畜已经有了相应的研究，然而对于山羊的研究仍较少。为了更好地研究山羊的繁殖性能，有必要探索关于它们的繁殖性能的转录组信息，山羊卵泡转录组的建立有助于研究卵泡发育的分子机制。随着DNA分子标记技术的发展和应用以及各相应技术的发展，如近年来在基因测序中占主导地位的转录组测序（RNASeq），对山羊的繁殖性状的基因调控机制的研究和利用繁殖性状标记辅助选择在生产中的应用取得了很大进展，发现并证明了一些山羊的繁殖性状相关的基因。
目前，国内外对羊高繁殖力主效基因的研究主要围绕：骨形态发生蛋白受体IB（BMPRIB）基因、骨形态发生蛋白15（BMP15）、骨形态发生蛋白4（BMP4）、生长分化因子9（GDF9）等。骨形态发生蛋白受体IB基因能够增加卵巢中的卵泡数和排卵数[1]，另外在小尾寒羊的研究中指出，骨形态发生蛋白受体IB基因可能是控制多胎性能主效基因的遗传连锁[2]。但是，经小尾寒羊高繁殖性能的研究证明，骨形态发生蛋白15基因的CTT缺失突变对其没有显著影响[3]，在济宁青山羊的高繁殖性能的研究中，BMP15基因不存在V31D或Q23Ter突变[4]。在储明星等[5]研究中，对小尾寒羊产羔数具有典型的加性效应的是骨形态发生蛋白4基因引物2和3种基因型。而在徐业芬等[6]对湖羊的研究中，在单羔组和多羔组间，骨形态发生蛋白4基因mRNA表达差异显著，是影响其排卵数的获选基因。Dong等[7]在对绵羊和小鼠的研究中发现，当生长分化因子9基因表达沉默或功能失活，会升高生殖激素FSH和LH的浓度，抑制促性腺素诱导的细胞分化，造成卵泡发育受阻，卵巢排卵异常，降低绵羊和小鼠繁殖性能。Chu等[8]采用PCRSSCP技术研究了小尾寒羊的生长分化因子9基因，AA型头2胎产羔数比AB、BB基因型分别多0.30和0.77只。周泽晓等[9]指出，其对山羊繁殖性能的调节作用与绵羊具有相似性。
卵泡发育过程中，卵泡体积会持续增大直至发育停止或成熟排出卵细胞。本实验探索不同直径卵泡的基因差异表达情况，为改善山羊的繁殖性能和提高产仔数等提供理论支持。
长江三角洲白山羊主要分布于长江三角洲地区，是皮、肉、笔料毛兼用的地方良种，早些年，已经被农业部列入国家级畜禽遗传资源保护名录，是我国重点保护的138个国家级畜禽遗传资源保护品种之一。长江三角洲白山羊有着肉质鲜嫩、膻味小等特点，其板皮品质好，皮质柔韧、致密、富有光泽，因此深受人们喜欢。近年来，随着人们生活水平的不断提高，特别是在冬天的季节里，对长江三角洲白山羊的需求量大幅增大。然而，迄今为止，长江三角洲白山羊的繁殖性能的分子生物学机制尚不清楚，因此本研究的实施与开展，得到的理论与数据，为改善长江三角洲白山羊的繁殖性能和提高产仔数等提供理论支持，为加速中国山羊养殖业的发展奠定了基础，巩固了中国山羊养殖业在全球市场中的地位。
本试验在国内外以往对山羊高繁殖力主效基因的研究的基础上，以近年来在基因测序中占主导地位的转录组测序（RNASeq）为技术支持，通过对各样本中提取的RNA进行质量控制，研究在卵泡发育的过程中，卵泡中差异表达基因编码的蛋白具有的功能和差异表达基因中显著性富集的信号通路，为改善长江三角洲白山羊的繁殖性能作理论支持。

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