本试验旨在筛选猪HOXA13基因启动子区域SNP位点，并研究筛选出的位点对猪肉质性状的影响，以鉴别位点是否与猪肉质性状显著相关。通过检测外四元猪HOXA13基因启动子区域的SNP位点，通过AS-PCR法对290头杜×皮×长×大外四元猪进行基因分型，并与群体的肉质性状进行关联性分析。根据结果可知，猪HOXA13基因启动子区域在-1311bp处有一SNP位点，该位点为G/T突变，即有GG、GT、TT三种基因型，得到群体中三种基因型频率分别为0.49（142）、0.39（112）、0.12（36）；通过SPSS分析得到该位点与板油重、肌内脂肪、背膘厚和肉色没有显著相关。本试验未能得到猪HOXA13基因g.-1311G＞T位点显著关联的肉质性状，该基因对肉质性状的影响还需进一步研究。
目录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言1
1 材料与方法3
1.1 试验材料 3
1.2 试验方法 3
1.2.1 DNA提取3
1.2.2 PCR扩增引物设计3
1.2.3 PCR扩增和测序4
1.2.4 SNP位点鉴定4
1.2.5转录因子预测4
1.2.6 SNP分型引物设计4
1.2.7 反应体系优化4
1.2.8 统计分析5
2 结果与分析5
2.1 SNP位点鉴定结果5
2.2 SNP位点处预测的转录因子6
2.3 SNP分型的电泳结果6
2.4 群体中基因型统计情况6
2.5 SNP与性状关联分析结果6
3 讨论 7
3.1 关于SNP位点筛选及分型方法的讨论7
3.2 启动子区域SNP位点对肉质性状的影响7
3.3 猪HOXA13基因SNP位点不同基因型与肉质性状关联分析结果讨论7
3.4 总结.8
致谢8
参考文献8
猪HOXA13基因SNP检测及其与肉质性状关联性分析
引言
猪肉是人们日常饮 *51今日免费论文网|www.jxszl.com +Q: ^351916072* 
食中的蛋白质主要来源之一。而随着生活水平的提高，人们对口感好、风味佳等具有优良肉质性状的肉类的需求不断提高，因此推动了畜牧业对猪优质肉品系或品种选育工作的展开。利用肉质性状关联的遗传标记进行选育，即标记辅助选育，能大大提高育种工作的效率和准确性，近年来在畜牧业中得到推广应用。但是，目前经过功能鉴定的肉质性状关联的分子遗传标记数量较少，有待进一步挖掘和鉴定。
分子标记以基于DNA的形式表现，在生物体的各组织、各发育阶段均能检测，且数量多，遍布整个基因组，能检测的位点数量庞大，常见的分子标记有RFLP（Restriction fragment length polymorphism，限制性长度片段多态性）、SNP( single nucleotidepolymorphism，单核苷酸多态性)、RAPD（Random amplified polymorphic DNA，随机扩增多态性DNA）、SSR（Simple sequence repeat，单序列重复）等。SNP主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，其表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，理论上讲，SNP 既可能是二等位多态性，也可能有3个或者4个等位多态性，但实际上2个以上的变异非常少见。这种变异可由单碱基的转换(transition，C/T)或颠换(transversion，C/A, G/T, C/G, A/T)所引起，也可由碱基的插入或缺失所致，但通常所说的SNP并不包括碱基的插入或者缺失[1]。
利用SNP进行标记辅助选择，与QTL定位相比，更利于对单个碱基变异与表型性状的关联性进行分析[2]。在畜牧生产中SNP标记可用于亲缘关系鉴定，如Rohrer等已经使用SNP对汉普夏猪和约克夏猪进行个体识别[3]。何余湧等使用全基因组高通量SNP标记，定位二花脸×沙子岭家系仔猪断奶体重的QTL[4]。黄生强对猪四号染色体上DECR1基因（线粒体2,4双烯酰辅酶A还原酶1基因）的SNP进行筛选，并与肉质、胴体性状进行关联性分析[5]。以上研究结果表明，SNP作为分子标记在生产实践中具有意义和经济价值。
同源异型盒基因（Homeobox gene，HOX gene）是一类调控生物形体发育的基因，包括脊柱、泌尿生殖系统、中枢神经系统、四肢和肌肉等的发育。猪HOXA13基因属于HOX基因家族中的第一簇（HOXA），位于猪的第18条染色体上。该基因的序列中含有一段180183个碱基的保守序列，该保守序列编码构成一个共有6061个氨基酸的多肽区域，称为同源结构域（Homeodomain，HD）。HD是一种类球形的折叠结构，也以类似球形的折叠方式锚定 DNA。它通过螺旋转角螺旋的结构特异性地结合DNA，识别核心为5TAAT3’、长度为1012bp 的 DNA 序列[6]。HD与DNA相互结合，并作为转录调控因子调节靶基因的表达，参与各种生物学过程；由于同源异型盒基因的产物与靶基因存在选择性相互作用，所以不同的HD与DNA的亲和性有所不同[7]。
骨骼肌是由大量肌细胞组成，在生物体中有收缩和舒张的功能，骨骼肌的发育大致上可以划分成四个阶段：第一阶段，轴旁中胚层发育形成生肌节，来自生肌节的间充质干细胞增殖分化为成肌细胞；第二阶段，多个单核的成肌细胞融合成多核细胞肌管；第三阶段，多核细胞肌管向肌纤维分化；第四阶段，肌纤维的生长，而肌纤维的数目基本上在出生后就是固定的，出生后肌纤维的生长只是肌细胞的胞体增大而不是数量上的增多[89]。
在骨骼肌的生长发育中，肌肉前体细胞的增殖、成肌细胞的分化、肌管分化为肌纤维这几个阶段较为关键，有很多基因参与调控这几个过程。研究表明，软骨衍生出来的或肌肉来源的胚细胞能表达MEIS、Hoxa9和Hoxa13基因[10]。Scotti[11]等报道将Cre基因插入内源性Hoxa13基因中，发现在肢体肌肉组织中，几乎所有前臂和部分肱三头肌的肌肉群都含有表达Hoxa13基因的细胞。当肢体的肌肉前体细胞从体节迁移并聚集到背部和腹部肌肉群的肢芽中时，Yamamoto M等[12]报道Hoxa13基因在背部或腹部肌肉群的后部中强烈表达，而在前部的成肌细胞中较弱。据Yamamoto M等[13]报道，强制表达Hoxa13基因会导致肢体和C2C12成肌细胞中MyoD显著抑制，而靶向破坏Hoxa13基因则导致MyoD在屈肌桡侧肌（通常表达HOXA13基因的前臂肌肉）中的表达增强，这说明Hoxa13基因可能参与了MyoD在肌肉前体表达的负调控。Thomas M. Williams[14]等研究发现，Hoxa13基因能强烈激活与肌细胞分化和发育有关的转录因子Fhl1，可以认为Fhl1为Hoxa13基因的下游基因。Hashimoto K等[15]的报道表明：在后肢Hoxa13基因的错误表达导致雏鸡肢芽的间充质细胞中Six2的异位表达，而前肢中Hoxa13基因和Wnt共同的错误表达会增强Six2的异位表达。Eugen Nacu[10]等发现10dpa下臂胚胎中的肌原细胞表达Hoxa11和Hoxa13基因，且它们的表达受到肌原细胞从结缔组织细胞接受到的信号调节。由上述结果可得，Hoxa13基因在肌肉发育中有重要作用。

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