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基于网络药理学对白芍赤芍化合物及作用靶点的比较分析【字数:7431】

2024-11-03 13:12编辑: www.jxszl.com景先生毕设
目的白芍与赤芍具有相同的植物来源,二者含有相似的化学成分组成,但含量有所差异,白芍和赤芍在功效方面也有显著的差异。现代很多研究都对白芍和赤芍进行了有关鉴别、药理作用和化学成分差别的探讨,但在靶点水平上并未有过相关研究实验,本研究希望从化合物-靶点的联系发现白芍和赤芍的差异。方法本研究通过网络药理学,构建药物-化合物-靶点的网络图谱对白芍和赤芍二者进行探讨,统计二者在化合物与靶点上的异同,希望为白芍、赤芍的鉴别研究提供参考。结果通过统计发现,白芍与赤芍存在相同化合物9种,相同作用靶点61个,共同靶点涉及的疾病202种。白芍与赤芍对应靶点最多的化合物存在差异,对应化合物最多的靶点存在差异。结论网络药理学分析白芍、赤芍靶点差异,可以为研究白芍、赤芍的作用差异提供参考。
目录
摘要3
关键词3
Abstract4
Key words4引言5
1材料和方法5
1.1白芍和赤芍活性成分的筛选5
1.2活性成分与药物作用靶点网络图的构建5
1.3白芍和赤芍所含化合物种类比较分析5
1.4白芍和赤芍所含化合物作用靶点比较分析5
1.5白芍和赤芍相同化合物的相关疾病统计
2结果与分析5
2.1活性成分的筛选5
2.2化合物靶点网络的构建6
2.3白芍和赤芍相同化合物网络图构建 8
2.4白芍、赤芍化合物的相同作用靶点8
2.5白芍、赤芍靶点相对应的疾病分析10
3讨论12
致谢14
参考文献15
基于网络药理学对白芍、赤芍化合物及作用靶点的比较分析
引言
引言
1材料和方法
1.1白芍和赤芍活性成分的筛选
中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP,Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform)是一个中草药化合物与靶点分析平台。该数据库可检索中药含有的化合物及其作用的靶点,可通过药物的吸收、分布、代谢、排泄等药代动 *51今日免费论文网|www.51jrft.com +Q: @351916072
力学过程的参数进行筛选,得到筛选后中药的化合物与靶点信息。该数据库为合理、高效的研发新药提供了新的研究思路和方法。利用TCMSP(http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php),对白芍和赤芍的活性成分进行检索,结果得出,白芍所含的化合物共计85个,赤芍所含化合物129个。为具有更可信的分析结论,简化数据分析工作量,对所得化合物进行合理筛选。筛选条件为:口服生物利用度(OB)大于或等于30,类药性(DL)大于或等于0.18。此筛选条件具有较高的机体化学成分相关性。
1.2活性成分与药物作用靶点网络图的构建
通过TCMSP平台对白芍、赤芍筛选得到的化合物进行潜在靶点的搜集,利用Uniprot( https: ∥www. uniprot.org /)平台筛选与人类相关的靶点蛋白并进行统一命名,用靶点简称和代码表示,再利用 Cytoscape 3.7.2软件导入属性文件,构建化合物靶点网络图,直观反映出药物化合物靶点网络关系。分别分析白芍、赤芍中对应靶点最多的化合物与对应化合物最多的靶点。
1.3 白芍和赤芍所含化合物种类比较分析
整理1.1筛选所得的白芍、赤芍二者化合物,对所含化合物的相同成分与不同成分进行统计分析,整理成表,并绘制成韦恩图,反映白芍、赤芍化学成分的异同。
1.4 白芍和赤芍所含化合物作用不同靶点比较分析
白芍、赤芍不同化合物可能对应相同或不同的靶点,统计白芍、赤芍二者化学成分对应的靶点,找到二者对机体作用的相同和不同靶点,绘制成韦恩图。
1.5 白芍和赤芍相同化合物的相关疾病统计
通过TCMSP数据库对二者含有的相同的化合物进行相关疾病的搜集,对所涉及的疾病进行统计分析。
2.结果与分析
2.1 活性成分的筛选
作为筛选条件的口服生物利用度(OB)和类药性(DL)是药理学研究中的重要参数,OB能反应药物进入体内循环的真实量。利用TCMSP平台检索,发现白芍含有 85个化合物,经口服生物利用度(OB)和类药性(DL)为条件进行筛选,得到了 13个化合物;同理,经过检索得知赤芍含有 129 个化合物, 经过口服生物利用度和类药性进行筛选得到了 29 个化合物。 如图1,图2,图3
图 1 白芍所含化合物

图 2 赤芍所含化合物

图 3 赤芍所含化合物

2.2化合物靶点网络的构建
经筛选得到的白芍含有的 13 个化合物,其中包含目前未发现靶点的5个化合物,含有靶点的8个化合物。总共涉及 93个靶点;赤芍筛选得到的 29个化合物,其中包含目前未发现的靶点的15个化合物,发现靶点的14个化合物,共涉及的靶点有 103个。白芍化合物靶点网络图谱用红色的圆形图标表示白芍,以蓝色的菱形图标表示有作用靶点的化合物,以紫色的菱形图标表示作用的靶点。如图4 赤芍化合物靶点网络图谱用紫色的圆形图标表示白芍,以绿色的菱形图标表示有作用靶点的化合物,以蓝色的菱形图标表示作用的靶点。如图5
白芍网络图中PGR靶点对应的化合物最多,对此靶点有作用的化合物有5个,包括BS1、BS2、BS3、BS6、BS8。其中对应靶点最多的化合物为BS2(山奈酚kaempferol)。
赤芍网络图中NCOA2靶点对应的化合物最多,对此靶点有作用的化合物有CS4、CS6、CS7、CS8、CS9、CS10、CS13。其中对应靶点最多的化合物为CS6(β谷甾醇betasitosterol),对应靶点38个,化合物CS4(黄芩素baicalein)对应靶点37个,化合物CS9(豆甾醇Stigmasterol)对应靶点31个。(网络图中化合物序号与其对应化合物,如图6,图7)

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