目录
摘要Ⅱ
关键词Ⅱ
AbstractⅢ
Key wordsⅢ1绪论1
1.1 PCV的概述与分类1
1.2 PCV分子特征2
1.3 PCV2基因型与流行情况2
1.4 PCV2与其他病毒混合感染情况3
1.5 PCV2 的致病性、诊断与防控4
1.6 本研究的目的与实验方案设计5
2材料与方法5
2.1 材料与设备5
2.1.1样本来源5
2.1.2主要试剂与设备5
2.2 PCV2的检测与全基因组测序6
2.2.1 PCV2检测与扩增引物的合成6
2.2.2病料核酸的提取6
2.2.3 PCV2的检测、扩增及全基因组测序6
2.3 PCV2的生物信息学分析7
2.3.1 参考序列收集 7
2.3.2序列比对、同源性分析及系统发育重建7
2.3.3 选择分析 7
3结果 8
3.1 PCV2的流行病学调查8
3.2 PCV2全基因组、ORF1基因、ORF2基因同源性分析8
2.3 PCV2遗传演化分析9
3.4 PCV2 Cap蛋白的选择分析9
4讨论10
致谢12
参考文献12
中国华东地区猪圆环病毒2型的流行病学调查与遗传演化分析
摘 要
本研究利用PCR方法调查中国华东地区猪群中PCV2的流行情况、优势基因型，共检测567份样品，发现PCV2检出率为17.46%，PCV3检出率为4.76%，PCV2与PCV3共感染情况不显著，仅为0.71%。在PCV2阳性样本中，与其他病毒发生共感染的比例为27.27%，主要与细环病毒1型（TTSuV1）、细环病毒2型（TTSuV2）、猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）等发生双重或三重混合感染，未发现四重混合感染。本研究共测得40条PCV2全基因组序列，并利用NCBI上中国、美国、西班牙等22个国家的公共序列进行同源性分析、系统发育分析与选择压力分 *51今日免费论文网|www.51jrft.com +Q: ￥351916072￥ 
析。分析发现PCV2的ORF1基因最保守，ORF2基因最高变。利用ORF2基因重构系统发育树，发现PCV2仍被分为2a、2b、2c、2d、2e这5个基因型，PCV2d为主要流行基因型。我国华东地区猪群中至少存在PCV2b、PCV2d两种基因型，且PCV2d是我国华东地区的主要流行基因型。通过选择压力分析，在PCV2的Cap蛋白上发现了两个正选择位点，为121和190位点，这两个位点位于Cap蛋白与机体发生免疫反应的抗原表位上，这意味着PCV2可能在猪群中发生适应性进化，并可能产生免疫逃避机制。通过本研究可为PCV2的防控及疫苗株的筛选提供理论依据。

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