发掘水稻剑叶角度对GA3高敏感性的优异等位变异对实现水稻制种全程机械化具有重要推动作用。选用262对SSR 标记对506份水稻资源进行基因型鉴定，分析该自然群体的遗传多样性、群体结构和连锁不平衡水平，并使用TASSEL软件的混合线性模型对水稻剑叶角度对GA3敏感性指数与SSR标记进行全基因组关联分析。结果表明共检测到4个与SSR位点与GA3处理下的水稻剑叶角度相关联（P<0.01），分别为RM218，RM4835，RM269和RM25。这些标记分别位于水稻第3、4、8、10染色体上。发掘出一批携有优良等位变异且效应值较大的载体品种。携带有RM218-155bp条带的垦稻18对增加剑叶角度的效应最大，为13.71。其次是携带有RM269-180bp条带的垦粘18，为9.64。这些有利等位变异及其载体品种可用作水稻异交性状遗传改良的亲本。
目录
摘要3
关键词3
Abstract3
Key words3
引言3
1 材料与方法4
1.1 供试材料 4
1.2 田间种植和试验方法4
1.3 表型鉴定 4
1.4基因组DNA提取、SSR标记基因型鉴定和等位基因鉴定 4
1.5数据分析 5
1.5.1表型分析 5
1.5.2群体遗传多样性分析5
1.5.3群体结构分析5
1.5.4 连锁不平衡分析5
1.5.5农艺性状关联位点以及优异等位变异的确定 5
2 结果与分析5
2.1 表型变异较为丰富 5
2.2遗传多样性丰富 6
2.3群体由7个亚群组成 6
2.4 7个亚群均存在显著的LD 8
2.5 与GA3处理下水稻剑叶角度相关联的SSR位点 10
2.6 GA3处理下水稻剑叶角度的优异等位变异及其典型载体材料 10
3讨论 10
致谢11
参考文献11
水稻剑叶角度对GA3敏感反应的关联分析
引言
水稻是世界上最重要的粮食作物之一，世界 *51今日免费论文网|www.jxszl.com +Q: ^351916072* 
1/3以上的人都依靠着它所生存。但由于杂交稻的制种过程复杂，使得制种成本较高。为了增大剑叶角度,达到穗粒正常外露，提高制种产量，施用赤霉素已成为杂交稻制种过程中一个不可缺少的重要环节[1]。我国对该一项的投资就高达3 000万～5 000万元，大量的使用赤霉素不仅会加重稻粒黑粉病的发生，还会降低种子质量[26]，污染环境。
由于上述问题，发掘出携有剑叶角度对GA3高敏感性的优异等位变异的载体品种显得尤为重要。因此，本实验室对水稻剑叶角度对GA3敏感性指数与SSR标记进行全基因组关联分析 [716]，选择出有利等位变异及其载体品种可用作水稻异交性状遗传改良的亲本。
1 材料与方法
1.1 供试材料
本试验材料为506份水稻资源，由杂交稻种质创新实验室提供。
1.2 田间种植和试验方法
2016年5月10日将供试的506份水稻资源播于大学江浦试验站播种，6月10日移栽。每份资源栽插1个小区，每个小区4行，每行8株。每个小区任选三株分别涂抹GA3作为处理，每株涂抹主茎穗，挂牌做标记，另选三株不处理作对照。株距20cm,行距20cm.常规田间管理。
GA3涂抹方法按制种实际进行，在水稻幼穗分化三期或四期进行涂抹，GA3总用量为0. 1mg，涂抹浓度0.1mg/mL， 分三次涂抹，按3：4：3的比例，连续3天上午进行,即当天上午涂抹300ul,第二天上午涂抹400ul，第三天上午涂抹300ul。（洪德林.2014.种子生产学实验技术）GA3处理液由“三六牌”75%赤霉酸（上海同瑞生物科技有限公司生产）和蒸馏水配成（配制前用少量的酒精进行溶解），用脱脂棉进行涂抹。每次涂抹GA3处理液时，均匀地涂抹到每株倒二叶上。
1.3 表型鉴定
第三次涂抹以后每隔7d进行一次观察，至植株完成抽穗定型后进行性状调查，调查剑叶角度这个性状。剑叶角度：剑叶叶枕以上茎秆或稻穗（如弯曲需竖直向上拉直）剑叶基部所在直线形成的夹角，精确到1°。
1.4基因组DNA提取、SSR标记基因型鉴定和等位基因鉴定
基因组DNA提取、PCR扩增体系、采用6%PAGE非变性胶进行电泳；电泳完毕后银染、显影方法参见Bassam等[17] 。
1.5数据分析
1.5.1表型分析
性状对外源GA3的敏感性用2个指标衡量。一个是差值（difference，D）,即将由调查性状的外源GA3处理平均值（average of treatment，AT）减去不作处理的对照平均值（average of check，AC）而得到。即D=ATAC。D反映调查性状经外源GA3处理后的绝对变化，当D为负值时，认为是由实验误差或取样误差造成，将D记为0。另一个指标是敏感指数（index of GA3 sensitivity，IGS），IGS=D/AC×100%，IGS越大，表示对外源GA3的敏感性越高。
在Microsoft Excel 2010软件上，将506份水稻自然群体对GA3敏感反应的表型数据进行处理，分别求出平均数、标准差、最大值、最小值、变异系数、广义遗传率，敏感指数；并在方差分析软件中对数据进行方差分析。广义遗传率用以下公式进行计算：


其中，σ2g表示遗传方差；σ2e表示误差方差；n表示重复数。此参考盖钧镒的《试验统计方法》中介绍的方法[18]。
1.5.2群体遗传多样性分析
应用统计软件PowerMarker3.25，对542份水稻自然群体资源进行标记位点的遗传多样性分析（Liu和Muse，2005）：计算各位点的等位基因数（number of alleles per locus）、基因多样性（gene diversity）和多态性信息含量（polymorphism information content, PIC）。
等位变异频率指的是某位点上的特定等位变异在群体中出现的次数占该位点上所有等位变异出现的次数。计算公式如下：


其中，Pij为第i个位点上第j个等位变异的频率；Aij是总群体中第i个位点上第j个等位变异出现的次数；m指总群体中第i个位点上所有等位变异出现的次数。

原文链接：http://www.jxszl.com/swgc/smkx/560730.html