3利用相关序列扩增多态性(Sequence Related Amplified Polymorphism, SRAP)技术分析深黄大斑鳝、浅黄细斑鳝和青灰鳝体色相关的分子遗传标记。研究结果表明在相同饲养条件下三种体色黄鳝在体重生长率和体长生长率上均以深黄大斑鳝最高，浅黄细斑鳝次之，青灰鳝最低。SRAP分子标记分析结果表明，从64对引物组合中筛选出10对条带清晰、可重复、多态性好、能得到稳定条带图谱的引物组合，每对引物组合检测到的位点数为8-17个，3个群体共检测到127个位点。青灰鳝的多态位点百分率（73.23%）、Nei’s基因多样性（0.2505）和Shannon’s信息指数（0.3789）最高，浅黄细斑鳝的多态位点百分率（71.65%）、Nei’s基因多样性（0.2400）和Shannon’s信息指数（0.3649）次之，深黄大斑鳝的多态位点百分率（69.29%）、Nei’s基因多样性（0.2163）和Shannon’s信息指数（0.3343）最低。3个群体间的Nei’s无偏遗传距离为0.0198-0.0593，遗传相似度为0.9424-0.9803；深黄大斑鳝与青灰鳝群体间遗传距离最大（0.0593），亲缘关系较远，与浅黄细斑鳝群体间遗传距离最小（0.0198），亲缘关系较近。通过对SRAP扩增产物的筛选、回收、测序以及标记验证，发现黄鳝A和B群体有一长度约为650bp的特异片段，该片段具有群体的特异性，可以作为鉴定黄鳝C群体与黄鳝A和B两个群体的分子标记。
目录
引言
引言
黄鳝（Monopterus albus），俗称鳝鱼，广泛存在于亚洲地区，属于硬骨鱼纲、合鳃目、合鳃科、黄鳝属，为温热带淡水底栖生活鱼类，在我国仅产1种[]，又因其肉质细嫩、营养丰富、具有较高的食用和药用价值，是中老年人滋补的佳品[]，因此近几年我国黄鳝养殖在水产项目中不断崛起壮大，尤其在长江中下游地区发展迅速，成为我国主要名优淡水水产品之一。但是近年来，由于黄鳝野生资源日渐下降，人工养殖得到不断发展。为了更高效的开展黄鳝人工养殖，首先要培育出优良的鳝种。由于环境及遗传等因素的影响，产生了不同体色的黄鳝，养殖中常见深黄大斑鳝、浅黄细斑鳝、青灰鳝3种，它们对环境的适应能力、个体的生长速度、养殖的经济效益等均不同。
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序列扩增多态性（sequencerelated amplified polymorphism, SRAP）是由美国加州大学蔬菜作物系Li等[]于2001年在植物中发展出来的一种基于PCR的新型分子标记技术。通过设计的引物对ORFs(open reading frames)进行扩增，上游引物长17bp，对外显子进行特异扩增，下游引物长18bp，对内含子和启动子区域进行特异扩增，因个体不同以及物种的内含子、启动子与间隔区长度不等而产生多态性。通过PCR特异扩增，可以将SRAP标记转化成SCAR(Sequence characterized amplified region，SCAR)标记[]。SCAR(Sequence characterized amplified region，SCAR)标记是根据基因组中的己知序列，设计特异的SCAR引物，对已知序列进行特异性扩增，并以此作为基因组特定的标记[]。它克服了SRAP标记的不足，操作简捷，特异性较高且十分稳定，广泛应用于植物的研究中，在水产动物种质鉴别研究上也得到应用[47]。本研究为了有效地利用黄鳝资源、提高养殖品种的品质和养殖的经济效益，旨在通过养殖试验研究三种体色黄鳝的生长差异性，并采用SRAP分子标记技术分析其遗传多样性，并选择特异片段作为标记，回收、测序。根据测序结果重新设计引物，对其进行SCAR标记转化，希望能获得正常、重复性好的PCR结果，以此辅助黄鳝种质鉴定，为黄鳝养殖过程中的种质资源保护进行分子标记辅助育种、建立遗传图谱等提供有力的理论依据和技术支撑。
一、3种体色黄鳝的生长性状差异性分析
1 材料与方法
1.1 试验材料
试验黄鳝由江苏省姜堰地区购得的野生黄鳝。试验个体均体质健壮，体表无伤，规格一致。
1.2 试验方法
本试验的养殖试验在中国水产科学研究院淡水渔业研究中心南泉实验基地进行，选
择一个水质良好、排灌水方便的试验池塘，投种前，将9个1m*1m*1m的聚乙稀网箱在该池塘中浸泡15天。2014年7月17日从收购的黄鳝中挑选健康的个体按深黄大斑鳝、浅黄细斑鳝、青灰鳝分类放入网箱中，每箱放养黄鳝30尾，每组3个平行，养殖3个月。试验期间每天投饵一次，投喂饵料相同，投饵时间18:0019:00，投饵量按黄鳝体重3～5 %投喂。
1.3数据处理
黄鳝的生长参数按下述公式计算 ：
增长率=(l2l1)/l1*100
增重率=(w2w1)/w1*100
体长绝对生长率( AGR，cm／d)= (l2l1)/(t2t1)
体重绝对生长率( AGR，g／d)= (w2w1)/ (t2t1)
式中，l1 初始体长；l2终末体长 ；w1初始体重；w2终末体重 ；t1试验开始时间；t2 试验结束时间。
所得数据通过SPSS22.0软件进行显著性差异检验 。
2 结果与分析
2.1 形态差异比较
黄鳝体型细长，前端圆，后端渐侧扁，尾部变尖细，全体裸露无鳞，形状似蛇或鳗；
头长而圆，口大，端忙，上颌稍突出，唇颇发达，上下颌及口盖骨上有细齿。三种不同体色相比较，从外形上看(见图1)。深黄大斑鳝体色深黄，背部和两侧分布有黑褐色大斑点，斑点在背部呈带状排列成3列；浅黄细斑鳝体表浅黄，背部分布有形状不规则且细密的黑褐色斑点；青灰鳝体色呈泥灰色，全身分布有排列不规则的黑褐色细密的小斑点。



A B


C
图1 三种体色黄鳝的体色形态
注：A 表示深黄大斑鳝;B表示浅黄细斑鳝;C表示青灰鳝
Fig.1 the body colour and shape of three kinds of Monopterus albus
Note：A means means deep yellow and big spots, B means thin spots and steel grey, C means pale yellow.
2.2 生长差异比较
3种不同体色黄鳝在网箱中的生长情况如表 1、2所示 。从表中可看出， 3种不同体色黄鳝在网箱中，体长生长率和体重生长率均以深黄大斑鳝最快，浅黄细斑鳝其次，青灰鳝最低。这表明在相同饲料和相同饲养条件下，3种不同体色黄鳝中以深黄大斑鳝、浅黄细斑鳝生长速度较快，具较大发展潜力，其中深黄大斑鳝生长速度最快，最适合作为优良品种养殖推广。

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